Le monde obscur est de plus en plus sombre, les sorciers ont un nouveau leader qui est en conflit avec le précédent. Des choses étranges se produisent dans la ville, Magnus Bane est le premier coupable pour Lorenzo Rey, le nouveau Grand Sorcier de Brooklyn, juste parce que son père est Asmodé, le prince des enfers. Mais après une enquête, il est prouvé que ce n’est pas Asmodé le responsable de tout ça, mais Lilith. Elle oblige des personnes a tuer des gens de leur entourage proche et de se sacrifier de leur sang pour que son fils puisse revenir à la vie. Son fils n’est nul autre que Jonathan Morgenstern, le frère de Clary Fairchild, mais aussi le fils de Valentin Morgenstern. Lilith est prête à tout pour sauver la vie de son fils, mais certains Shadowhunters, créatures obscures et Magnus Bane font tout pour l’arrêter.

Magnus Bane se retrouve sans pouvoirs après une négociation avec son père afin de sauver Jace, Alexander se retrouve blessé par son propre parabatai. Mais ce n’est pas le plus important durant cette soirée, quand Jace retrouve Clary ils arrivent à détruire le lieu où se trouve Jonathan qui vient de se réveiller, sans que quiconque ne le sache à part Clary. Mais les rêves de Lilith ne se produisent pas, une explosion à lieu et son fils ainsi que Clary se retrouve propulsés et personne n’aperçois leur corps dans les débris. Ils ne savent pas ce qu'il s'est passé ce soir-là. Des recherches commencent rapidement pour essayer de retrouver Clary, Jace ne peut pas accepter qu’elle soit prétendue morte par sa faute, à cause de sa faiblesse après sa mort. Lilith à eu le temps de s’échapper durant tout ça, elle non plus ne peut pas accepter que cela ait arrêté, car ce n'est que le commencement.

Prête à tout pour lui, Lilith va de nouveau mettre un plan en place pour son fils, elle met de nouveau des humains sous son influence. Lilith garde prisonnière Clary, car celle-ci peut tout à fait s'échapper. Même si Jonathan son frère ne sera jamais bien loin. Elle profite du fait que les Shadowhunters la pensent morte en même temps que son fils. De nombreuses espèces vont devoir apprendre à œuvrer ensemble pour sauver leur vie ou celles de leurs proches. Certains chasseurs d'ombres devront puiser dans leur côté sombre pour vaincre le mal qui est en train de s’abattre sur leur ville et d’autres devront apprendre à vivre sans leurs capacités. Personne ne sait réellement ce qui se cache dans l’ombre, ce que Lilith prépare, ou même Jonathan car il est revenu parmi les vivants et qu'il est dangereux. Ce qui est certain, c'est qu'un renouveau voit le jour. Il faudra à tout prix l'arrêter ou bien s'y plier. Tout cela dépendra de qui nous sommes et de nos propres convictions.

Clary est libérée - Jonathan n'est plus que l'ombre de lui-même et en souffrance, à cause de sa soeur qui l'a quitté. Lilith projette un plan encore plus monstrueux, quitte pour cela, à devoir détruire le seul amour de son frère, mais aussi le monde obscure et le monde des terrestres.

L'histoire ne s'arrête pas là et elle ne cesse de se poursuivre et d'avancer. Sans pour autant savoir si le destin entre en scène, libre à chacun de le penser. Jonathan Morgenstern a voulu s'emparer de l'épée de sa famille pour pouvoir faire venir les démons sur terre et pour anéantir toutes les créature obscures, et même des chasseurs d'ombres et des terrestres s'il estimait que cela était nécessaire. Clary resta de longues semaines avec son frère, avant que cette attaque dans ce magasin d'antiquités appartenant à Lisandro Giovannoti ne soit orchestrée par lui. Afin, d'acquérir l'épée ou des informations pour l'obtenir, tout changea une fois que le plan pris forme. Hélas, Jonathan n'eut pas la tâche facile, les chasseurs d'ombres, créatures obscures et les proches de Clary s'en mélèrent et ils attaquèrent à l'aide d'une source extérieure qui savait l'emplacement exacte de celui-ci. Une attaque violente eut lieue, Lisandro le vampire de plus de deux siècles fut torturé par Jonathan, mais il ne put obtenir aucune information même sous la torture, de sa propre bouche. C'est ainsi que la bande entra dans le magasin et qu'ils attaquèrent Jonathan. Celui-ci décida de prendre la fuite à la quête de sa soeur pour pouvoir repartir. Il se fit berner par notre chère Clary, qui utilisa une rune angélique qu'elle inventa elle-même pour rejoindre ses proches dans un lieu sécurisé. C'est ainsi, qu'elle fut libérée des griffes de Jonathan et de Lilith. Jonathan n'est plus que l'ombre de lui-même depuis que sa soeur l'a quitté, il déprime et il ne semble plus avoir le goût à la vengeance.
Tout le contraire de Lilith qui en colère et elle mettra tout en oeuvre pour voir détruire le monde obscur même si pour ça, elle doit agir d'une toute autre manière, et même détruire la seule personne qu'il aime le plus au monde. Maintenant, tout le monde est en danger, il va falloir se montrer encore plus prudent et rusé, afin de pouvoir sauver le monde obscur de leurs attaques imminentes et qui jurent d'être destructrices.