Connu sous le nom des Marques, des symboles offrant de multiples capacités, parfois angéliques ou démoniaques. Les runes ont un langage unique assez complexe, que leur a donné l’Ange Raziel. Elles sont gravées sur leur peau ou sur des outils, grâce à des stèles. C’est leurs principales armes dans la lutte contre les démons.

Certaines runes sont indolores, pourtant, il peut arriver que cela soit douloureux pour certains chasseurs d’ombres, surtout ceux qui peuvent avoir du sang de créatures obscures dans les veines, semblent ressentir de la douleur et de l’inconfort.

Un chasseur d’ombre reçoit sa première marque vers l’âge de dix ans. La première rune est souvent et généralement marqué par un Frère Silencieux, lors d’une cérémonie officielle.

○ Utilisation : la plupart des runes doivent être utilisées sur la peau des chasseurs d'ombres, certaines runes doivent être appliquées sur des objets, lui offrant des pouvoirs. Certaines runes peuvent être placées sur les armes afin d'empêcher la guérison des démons.
Les runes différencient les Nephilims des autres humains, car ils sont les seuls à supporter leur pouvoir. Lorsqu'on marque un terrestre, ça lui brûle la peau. La douleur peut le rendre fou et il devient un Damné ou il meurt. La seule exception est la rune de l'Alliance, qui a été spécialement crée pour pouvoir être porté par les Chasseurs d'Ombres et les Créatures Obscures.

Les runes sont l'identité d'un Nephilim. Quand on viole la loi assez sévèrement, le Nephilim est dépouillés de ses marques, ce qui est un processus extrêmement douloureux.

Certaines sont seulement symboliques comme la rune de l'amour, qui est le symbole de l'amour entre deux personnes, mais qui ne crée pas le sentiment réel. Identique, pour la rune de deuil, elle ne guérit pas la douleur de la perte, elle symbolise juste la douleur d'avoir perdu quelqu'un.

○ Efficacité : Le placement de rune détermine son efficacité, plus la rune est proche du cœur, plus elle est efficace. D’autres se placent sur les mains ou les bras, pour offrir un bénéfice particulier par rapport à une zone, presque « identitaire ». Plus la pression forte de la stèle contre la peau est forte, plus elle est efficace et a une durée de vie longue.
Les marques dessinaient entre parabatai rendent les marques plus puissantes, car la rune s'appuie sur la force des deux guerriers.

○ Durée de vie : Les runes sont souvent temporaires et s’effacent avec le temps, ne laissant de son passage qu’une cicatrice argentée. Elles doivent être redessinées afin d’avoir à nouveau leur pouvoir.
Certaines runes sont permanentes, comme la Rune de Voyance. Elles ne disparaissent jamais et leurs effets fonctionnent en permanence.

○ Connaissance : les Chasseurs d'Ombres peuvent seulement utiliser celles présente dans le Grimoire. Les runes démoniaques sont interdites par la loi et ne fonctionnent pas avec le sang d'ange des Nephilims. Le véritable nom d'une rune est dans la langue du ciel, et ce sont les seuls mots que les humains ont le droit de connaître.
Beaucoup de runes sont accessibles uniquement par ceux qui sont devenus Frère Silencieux ou Sœur de fer. Elles se trouvent dans la partie cachée du Grimoire et leur offrent une magie différente qui leur permet d'exercer leurs fonctions propres à leur organisation.

○ Agilité : rune permanente qui offre aux chasseurs d'ombres une sensibilité accrue non seulement du corps, mais aussi de l'esprit. Ils reçoivent cette rune au début de leur formation, ce qui leur donne la capacité de traiter une information et de réagir plus rapidement.
○ Amissio : ralentis la perte de sang et accélère le remplacement du sang naturel.
○ Avenir : permet aux chasseurs d'ombres d'avoir la possibilité de mieux comprendre les événements actuels et passés, ainsi que la capacité de comprendre les événements qui vont se produire, selon les connaissances actuelles. Elle doit être réappliquée après chaque utilisation.
○ Calme/Sérénité : Elle est utilisée par les Frères Silencieux, placée à l'arrière de la nuque et elle permet de se rendre silencieux. Valentin l'utilisa sur Clary lorsqu'il invoqua Raziel.
○ Courage : offrant aux guerriers une résolution inébranlable, la volonté, la force intérieure et la force de l'esprit qui permet à un chasseur d'ombre de faire face au danger ou de supporter la douleur avec adversité et courage.
○ Courage au combat : fournis à ceux qui la portent un courage au-delà de celle d'un tueur de démon typique.
○ Dévier/Bloquer : repousse les coups reçus. Bien pratique dans les conflits violents, mais est rarement utilisée dans une bataille. Elle est plus efficace lorsqu'elle est appliquée sur des structures défensives. Elle doit constamment être redessinée pour être efficace.
○ Dextérité : offre aux Chasseurs d'Ombres de la dextérité.
○ Endurance : donnant aux chasseurs d'ombres la capacité de résister à la fatigue ou à la maladie. Les pouvoirs conférés par cette rune ne sont pas sur une durée fixe : elle perd de son pouvoir au fur et à mesure que le chasseur d'ombre l'utilise.
○ Équilibre : elle donne l'équilibre parfait au porteur de cette rune, elle est très utile dans le combat au corps-à-corps, cette rune rend le Chasseur d'Ombres plus agile. Elle est permanente.
○ Force : c'est rune de très courte durée qui doit être appliquée de nouveau après chaque utilisation. Cette marque donne au guerrier angélique une augmentation courte mais intense de force physique.
○ Guérir : elle guérit les blessures graves, voir mortelles. Elle permet la guérison. Bien qu'il existe plusieurs formes de runes de guérison, la plus fondamentale est la Iratze . C'est la deuxième rune donné pour les Nephilim par l'ange Raziel et elle est également la deuxième rune la plus puissante.
○ Intrépide : permet au porteur de ne plus ressentir la peur. Cette rune a été créée par Clary.
○ Langue Universelle : permet à celui qui en est marqué non seulement de parler et de comprendre une langue, mais aussi de communiquer avec l'autre de façon à ce que les démons ne les comprennent pas.
○ Loyauté : une rune permanente de loyauté. Elle lie le chasseur d'ombre à la personne qui l'a marqué.
○Mariage : une marque permanente faite sur le dos de la main des Chasseurs d'Ombres, contraignant le couple dans le mariage. Une fois que les marques sont faites, ils sont considérés comme mariés.
○ Marque de Caïn : si quelqu'un tente de tuer la personne portant la marque, le porteur est vengé sept fois et l'assaillant est réduit en cristaux de sel.
○ Mendelin : elle offre l'invisibilité partielle et temporaire en jetant un charme sur le porteur, ce qui leur permet de se cacher des terrestres et, dans certains cas, des démons. La rune de Mendelin peut aussi agir comme une rune de guérison, renforçant la constitution de la victime.
○ Mnemosyne : rune de mémoire qui offre une parfaite mémoire visuelle aux Chasseurs d'Ombres.

○ Parabatai : elle signifie l'alliance de deux Chasseurs d'Ombres ensemble, afin qu'ils puissent tirer sur la force de l'autre, et devenir plus fort.
○ Pouvoir Angélique/Enkeli : tous les chasseurs d'ombres reçoivent cette marque durant leur initiation. Elle symbolise leur lien angélique. Elle est souvent appliquée sur les armes afin d'enlever toutes traces démoniaques. Cela empêche également les démons poignardés de guérir.
○ Précision : donne  la capacité d'effectuer des tâches nécessitant un haut degré de précision. Lorsqu'elle est activée, la rune offre une concentration intense, l'attention du détail, et la possibilité de répéter un acte précisément.
○ Rappel : usage unique qui permet au chasseur d'ombre de se rappeler des événements qui se sont enfouis dans sa mémoire. Elle est assez puissante pour rappeler des souvenirs d'enfance, mais elle permet seulement de se remémorer des événements dont ils ont eux-mêmes été victimes ou témoins
○ Résurrection : redonne vie à un Chasseur d'Ombres décédé. Elle a été créée par Clary afin de pouvoir faire parler les personnes décédé pendant un court délai. Cependant, la douleur d'avoir leur âme tiré avec force vers le monde des vivants combiné avec la douleur de leurs blessures existantes, leur cause une douleur immense, les rendant presque incapables de parler. Lorsque la rune est détruite, le ressuscité meurt une fois de plus.
○ Silencieux : rune de courte durée qui permet au porteur de se mouvoir en silence.
○ Souvenir/Deuil : marques qui montrent le deuil. Elles peuvent être rouges.
○ Thermis : offre de la chaleur au porteur.
○ Traçage : permet de suivre ou de retrouver la trace d'une personne en voyant ce que le suivi voit. Cette rune ne peux être utilisée qu'en possédant un objet personnel de la personne à suivre. Souvent utilisé par l'Enclave pour pourchasser des criminels.
○ Vision : cette rune dans sa main et parvient à figer les démons.
○ Vitesse accrue : rune qui s'efface au fil du temps, elle permet au chasseur d'ombre d'acquérir une grande vitesse.
○ Voyance : première rune appliquée sur le corps d'un chasseur d'ombre durant sa formation. Cette rune concentre la vue; ajoute une perception extra-sensorielle au porteur, lui permettant de voir à travers les charmes.